บริษัท โรงพยาบาลราชธานี จำกัด (มหาชน) เริ่มก่อตั้งในปี พ.ศ. 2533 เพื่อดำเนินธุรกิจให้บริการทางการแพทย์ โดยในช่วงแรกดำเนินงานภายใต้ชื่อ บริษัท อยุธยาเวชการ จำกัด ก่อตั้งโดยคณะแพทย์ผู้เชี่ยวชาญซึ่งส่วนใหญ่สำเร็จการศึกษาจากคณะแพทยศาสตร์ ศิริราชพยาบาล ได้แก่
โดยได้รับการสนับสนุนจากนักธุรกิจชั้นนำในจังหวัดพระนครศรีอยุธยา ซึ่งเล็งเห็นถึงปัญหาความขาดแคลนด้านการแพทย์ในพื้นที่ ที่มีโรงงานอุตสาหกรรมจำนวนมาก แต่ขาดแคลนสถานพยาบาลที่มีคุณภาพและเพียงพอ
โรงพยาบาลราชธานีจึงถูกก่อตั้งขึ้นที่ ตำบลคลองสวนพลู อำเภอพระนครศรีอยุธยา จังหวัดพระนครศรีอยุธยา ซึ่งตั้งอยู่ใกล้ถนนสายเอเชียและถนนโรจนะ เริ่มเปิดดำเนินการในปี พ.ศ. 2535 และได้รับการตอบรับเป็นอย่างดีจากประชาชนในจังหวัดพระนครศรีอยุธยาและพื้นที่ใกล้เคียง
เมื่อภาครัฐประกาศใช้ พระราชบัญญัติประกันสังคม ปี พ.ศ. 2535 บริษัทได้เล็งเห็นถึงโอกาสในการขยายการรักษาพยาบาลแก่ประชาชน จึงเข้าร่วมโครงการตั้งแต่ปี พ.ศ. 2537 จนถึงปัจจุบัน โดยได้รับรายได้สนับสนุนจากโครงการดังกล่าวอย่างต่อเนื่อง
บริษัทให้ความสำคัญกับ การพัฒนาคุณภาพการให้บริการและความสามารถของบุคลากรทางการแพทย์ ส่งผลให้ผู้ป่วยมีความพึงพอใจและให้ความไว้วางใจโรงพยาบาลมาอย่างต่อเนื่อง
ปรัชญาในการดำเนินงานของโรงพยาบาลสะท้อนอยู่ในคำขวัญที่ว่า:
“อบอุ่นดั่งบ้าน บริการดั่งญาติ ในราชธานี”
ในปี พ.ศ. 2557 บริษัทได้เล็งเห็นโอกาสในการขยายบริการ โดยเฉพาะกลุ่มผู้ป่วยจากนิคมอุตสาหกรรมในพื้นที่ จึงได้ลงทุนใน บริษัท โรงพยาบาลโรจนเวช จำกัด ซึ่งตั้งอยู่บนถนนโรจนะ-วังน้อย ใกล้กับนิคมอุตสาหกรรมโรจนะ และต่อมาได้เปลี่ยนชื่อเป็น บริษัท โรงพยาบาลราชธานี โรจนะ จำกัด โดยดำเนินธุรกิจภายใต้ชื่อ “โรงพยาบาลราชธานี โรจนะ”
ปัจจุบัน บริษัท โรงพยาบาลราชธานี จำกัด (มหาชน) มีทุนจดทะเบียนรวม 300 ล้านบาท